Comptant 3 920 agents publics, la zone d'emploi de Pontarlier pèse peu dans l'emploi public régional (2 %). Son taux d'administration est inférieur à la moyenne régionale, avec 64 emplois publics pour 1 000 habitants. L'emploi public représente 19 % de l'emploi total de ce territoire, soit trois points de moins qu'en moyenne dans la région. La répartition des effectifs de la fonction publique entre les trois versants est assez équilibrée. Les collèges et lycées constituent le principal employeur de la fonction publique d'État. Dans la fonction publique territoriale, la commune de Pontarlier emploie plus de 20 % des agents. Le centre hospitalier intercommunal de Haute-Comté de Pontarlier, avec 1 090 agents, concentre 83 % des effectifs de la fonction publique hospitalière. Trois familles de métiers regroupent près des deux tiers des emplois : l'éducation-formation-recherche, les soins, l'administration. Dans cette dernière, composée essentiellement d'agents et d'adjoints administratifs, plus de la moitié des salariés relèvent de la fonction publique d'État ; les autres personnes se répartissent de façon homogène entre le versant territorial et hospitalier. Globalement, le personnel est plutôt jeune : plus de 26 % des agents ont moins de 35 ans. Seulement 14 % sont âgés de 55 ans ou plus, c'est le taux le plus faible des zones d'emploi de la région. Ces caractéristiques concernent l'ensemble des trois versants de la fonction publique.