Avec 1 630 emplois publics, la zone d'emploi de Morteau pèse très peu dans l'emploi public régional (1 %). Le taux d'administration est le plus faible de la région, avec 35 emplois publics pour 1 000 habitants. C'est également le territoire où la part de l'emploi public dans l'emploi total de la zone est la plus faible de la région (12 %). L'État regroupe la moitié des effectifs publics : les principaux employeurs sont les collèges et lycées de Morteau et de Maîche. Les collectivités territoriales regroupent 36 % des agents travaillant pour la plupart dans une administration communale. La fonction publique hospitalière est très peu présente et comporte un unique employeur, l'hôpital de Morteau avec 230 salariés. Trois familles de métiers regroupent près des deux tiers des agents : l'éducation-formation-recherche, le bâtiment-travaux publics et l'administration. Cette dernière famille compte 230 agents et des métiers présents dans chaque versant de la fonction publique. La zone d'emploi de Morteau est celle où le poids des métiers de l'enseignement est le plus important : ceux-ci représentent 85 % des professions exercées dans la fonction publique d'État. Hors métiers de l'enseignement, les agents sont beaucoup moins qualifiés qu'en moyenne, avec seulement 4 % de cadres. Le personnel est globalement plutôt jeune : plus de 28 % des agents ont moins de 35 ans. Seulement 14 % sont âgés de 55 ans ou plus, c'est la part la plus faible de la région.