Comptant 10 590 agents publics, la zone d'emploi de Lons-le-Saunier regroupe 4 % de l'emploi public régional. Son taux d'administration est élevé : 88 emplois publics pour 1 000 habitants. L'emploi public représente 21 % de l'emploi total de la zone, une proportion proche de la moyenne régionale. Les fonctions publiques d'État et territoriale emploient respectivement 41 % et 35 % des agents de la fonction publique. Les principaux employeurs sont implantés à Lons-le-Saunier, Poligny et Champagnole  : ce sont les collèges et lycées, le conseil départemental et les communes. La fonction publique hospitalière ne regroupe qu'un quart des effectifs de la fonction publique mais elle compte le plus gros employeur de la zone, le centre hospitalier de Lons-le-Saunier avec près de 1 300 agents. Deux familles de métiers se caractérisent par un nombre important de salariés et des métiers dans les trois versants de la fonction publique : il s'agit de l'administration (2 200 agents) et des soins (1 770 agents). Les métiers de l'entretien-maintenance, aux effectifs plus faibles, comptent également des emplois dans chacun des trois versants. Dans l'ensemble de la fonction publique, 17 % d'agents sont âgés de 55 ans et plus, une proportion proche de la moyenne régionale. Sur ce territoire, le vieillissement du personnel touche cependant plus fortement les métiers de l'administration, de l'entretien-maintenance ainsi que la famille des métiers des technique-informatique-transports.