Les principaux utilisateurs de l'enquête CIS sont des chercheurs, des chargés d'études ou de conseil et des cadres (public/privé). Les résultats de l'enquête sont utilisées pour des études ou de la veille technologique.
Les principales données consultées sont : les innovations de produits, la proportion de sociétés innovantes par secteur d'activité et les facteurs expliquant l'absence d'innovation.
Les utilisateurs souhaiteraient des données régionales plus fines.

Un comité de concertation, composé des experts et représentants des politiques publiques concernées par les questions de l'innovation, ainsi que des représentants d'organisations professionnelles, ou de syndicats de salariés s'est réuni pour participer à la conception du questionnaire.

Une enquête de satisfaction a été menée sur l'enquête CIS en août/septembre 2020. Les principaux résultats sont consultables sur Insee.fr.
Les utilisateurs (chercheurs, administration, représentants d'entreprises, syndicats, etc.) sont conviés tous les 2 ans à un comité de concertation afin de leur présenter le nouveau questionnaire et de recueillir leurs besoins. Le dernier comité de concertation a eu lieu le 22 septembre 2020.
Enfin, un comité utilisateurs a lieu ponctuellement afin d'échanger sur les études en cours utilisant l'enquête CIS et les besoins pour les projets futurs.