Pour les comparaisons entre les pays de l'Union européenne, se référer aux indicateurs Eurostat.

Les différents millésimes des enquêtes CIS peuvent être comparés jusqu'à CIS 2016 inclue, modulo les changements éventuels de formulation des questions. L'évolution des méthodes de redressement peuvent affecter à la marge certaines évolutions.

Une rupture de série est à noter à partir de CIS 2018. En effet, suite à la 4ème édition du manuel d'Oslo, seuls deux types d'innovation sont désormais définis depuis CIS 2018 (produits ou procédés y compris organisation et marketing), contre quatre pour CIS 2016 (produits, procédés, organisation, marketing). Certaines questions, précédemment posées aux seules entreprises innovantes sont désormais posées à toutes les entreprises. Il faut donc être vigilant sur la comparaison entre CIS 2020 ou CIS 2018 et les enquêtes précédentes.

Par ailleurs, pour CIS 2020, l'unité d'interrogation est l'entreprise (indépendant ou profilée), et non plus l'unité légale, et certaines questions ne sont posées qu'aux entreprises de 50 salariés ou plus ne faisant pas partie du secteur de l'hébergement-restauration.

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