Les principaux thèmes abordés dans l'enquête CIS 2018 sont les suivants : 

• la stratégie ; 

• la co-création (participation active de l'utilisateur dans le développement d'un produit) et personnalisation (adaptation d'un produit sur demande des utilisateurs); 

• les droits de propriété intellectuelle (dépôt de brevet, enregistrement de modèle etc.) ; 

• la présence de l'innovation par type d'innovation (produits, procédés) ;  

• la part en chiffre d'affaires des innovations de produits introduites entre 2016 et 2018; 

• les dépenses liées aux activités d'innovation ; 

• l'existence de financements publics (nationaux, européens) ; 

• les formes de coopération pour le développement des innovations ;  

• les facteurs expliquant l'absence d'innovation sur la période 2016-2018 .

Les principaux domaines de diffusion sont le secteur d'activité de l'entreprise décrite selon la Nomenclature statistique des activités économiques dans la Communauté européenne (NACE rév.2) et la taille de l'entreprise.

Les entreprises appartiennent aux divisions 05 à 81 de la NACE rév.2  (à l'exception de 75 : Vétérinaires). La catégorie juridique 7353 (Syndicat intercommunal à vocation unique (SIVU)) est exclue.

Au sein de la section K de la NAF rev2 (divisions 64, 65 et 66), le champ des mutuelles était limité depuis CIS 2010. Pour CIS2018, seules les unités locales de certaines banques, soit les catégories juridiques 5195 et 6595, sont exclues.

La frontière entre les innovations technologiques et non technologiques est de plus en plus tenue. Dès lors, la 4ème édition du manuel d'Oslo (octobre 2018) ne retient plus que les deux types d'innovation suivants :
- l'innovation de produits : il s'agit de  l'introduction sur le marché d'un bien ou d'un service nouveau ou significativement amélioré par rapport aux produits précédemment élaborés par l'entreprise. Elle inclut les changements significatifs de design et les biens ou services numériques. Elle exclut la revente en l'état de nouveaux biens ou services et les changements de nature esthétique ;
- l'innovation de procédés : il s'agit de la mise en œuvre dans l'entreprise d'un procédé nouveau ou significativement amélioré par rapport aux procédés précédemment employés par l'entreprise. Elle concerne la production et les méthodes de développement, la logistique et la distribution, le système d'information et de communication, les tâches administratives et la comptabilité, l'organisation des procédures, la gestion des relations avec les fournisseurs, l'organisation du travail, les processus de décision, les ressources humaines, le marketing, l'emballage, la tarification et le service après-vente.      
Dans la 3è édition du manuel d'Oslo, donc pour les enquêtes CIS de 2008 à 2016, 4 types d'innovation étaient distinguées :
- les innovations de produits, soit l'introduction sur le marché d'un bien ou service nouveau ou significativement amélioré par rapport aux produits précédemment élaborés par l'entreprise au regard de ses caractéristiques essentielles, de sa convivialité (facilité d'usage), ses composants (ou son utilisation) et des éléments intégrés ;
- les innovation de procédés, soit la mise en œuvre d'un procédé de production, d'une méthode de distribution ou d'une activité de soutien ou support nouveau ou significativement amélioré. Les innovations n'ayant trait qu'à l'organisation ou au marketing étaient exclues ;
- l'innovation d'organisation : il s'agit d'un nouveau mode de fonctionnement de l'entreprise (y compris la gestion des connaissances), une nouvelle méthode d'organisation du travail ou de ses relations externes qui n'étaient pas utilisés précédemment dans l'entreprise ;
- l'innovation de marketing : elle correspond à la mise en œuvre de concepts nouveaux ou de stratégies de vente nouvelles qui diffèrent significativement des méthodes de vente existant dans l'entreprise et qui n'avaient pas été utilisés auparavant. Elle inclut les changements dans le design, l'emballage ou la présentation d'un bien ou d'une prestation de services, son positionnement, sa promotion ou son prix s'ils ont un impact significatif.

L'unité d'interrogation est l'unité légale, identifiée par son numéro SIREN, à l'exception de 12 unités qui sont interrogées en entreprises profilées.

Les unités légales enquêtées sont des unités implantées sur le territoire français (métropole et DOM y compris Mayotte), actives au 31/12/2018 ayant eu au moins 6 mois d'activité, marchandes, exploitantes de 10 salariés ou plus (en ETP).
Les entreprises appartiennent aux divisions 05 à 81 de la  Nomenclature statistique des activités économiques dans la Communauté européenne (NACE rév.2, à l'exception de 75 : vétérinaires).
Au sein de la section K de la NACE rév.2 (divisions 64, 65 et 66), les sections 5195, 6595 sont exclues (agence locale de banque). 

France

2016 à 2018 selon les questions