Les différents millésimes des enquêtes CIS peuvent être comparés jusqu'à CIS2016 inclue, modulo les changements éventuels de formulation des questions. L'évolution des méthodes de redressement peuvent affecter à la marge certaines évolutions.

Cependant, une rupture de série est à noter à partir de CIS2018. En effet, suite à la 4ème édition du manuel d'Oslo, seuls deux types d'innovation sont désormais définis à partir de CIS2018 (produits ou procédés y compris organisation et marketing), contre quatre pour CIS2016 (produits, procédés, organisation, marketing), et certaines questions, précédemment posées aux seules entreprises innovantes sont désormais posées à toutes les entreprises.Il faut donc être vigilant sur la comparaison entre CIS2018 et les enquêtes précédentes.