Les différentes étapes de l'enquête garantissent que le processus répond aux exigences en matière de production statistique :           
- tirage stratifié de l'échantillon
- relances et contrôles des données en cours de collecte
- apurement
- redressement de la non-réponse totale
- calage
- redressement de la non réponse partielle
- winsorisation (contrôle de l'influence des unités atypiques)
- le questionnaire a été testé (au 4e trimestre 2012) dans le cadre du passage de l'enquête devant le comité du label début 2013.

L'enquête présente un taux de réponse en baisse : 81,8 % (86,3 % lors de l'édition précédente) du fait de l'interrogation sur les dépenses courantes.

Avant toute exploitation, il est également utile d'apprécier la qualité des variables au travers de leur taux de non-réponse partielle et des intervalles de confiance fournis dans les indicateurs de qualité de l'enquête.

Ainsi, le taux de non-réponse partielle est particulièrement élevé pour la variable RED_ASS_EPU (Redevance pour le rejet des eaux usées domestique dans le réseau public d'assainissement) et s'établit à 22,0 %.Cette variable est donc à analyser avec précaution, une partie non négligeable des réponses ayant donc été imputée.

Les variables AU_TA (Autres taxes et cotisations sur les émissions et la dégradation de l'environnement) et COTIS (Eco_contributions payées au filières REP) présentent aussi un taux de non réponse partielle relativement élevé de 9,1 %.

Les autres variables présentent toutes un taux de non-réponse partielle inférieur à 6 %.

En terme de précision, les principales variables numériques présentent les coefficients de variation suivants :
Montant total des études pour protéger l'environnement (TOT_ETUDE) : 3,2 %
Montant total des investissements spécifiques (TI) : 2,6 %
Montant des investissements intégrés relevant de la protection de l'environnement (I2) : 6,2 %
Montant total des dépenses de fonctionnement et d'entretien des équipements entièrement dédiés à l'environnement (TD) : 2,0 %
Montant total des dépenses courantes pour protéger l'environnement (TOT_DEP_COUR) : 1,3 %

La précision se dégrade lorsqu'on s'attache à des domaines de diffusion plus fins. En particulier, les secteurs d'activité suivants présentent un coefficient de variation dépassant 30 % et sont à analyser avec précaution :

Pour le  total des études pour protéger l'environnement (TOT_ETUDE) :
104-Fabrication d'huiles et graisses végétales et animales ;
106-Travail des grains ; fabrication de produits amylacés ;
102-Transformation et conservation de poisson, de crustacés et de mollusques ;
29-Industrie automobile ;
109-Fabrication d'aliments pour animaux ;
15-Industrie du cuir et de la chaussure ;
107-Fabrication de produits de boulangerie-pâtisserie et de pâtes alimentaires.

Pour le total des investissements spécifiques (TI) :
109-Fabrication d'aliments pour animaux ;
102-Transformation et conservation de poisson, de crustacés et de mollusques ;
107-Fabrication de produits de boulangerie-pâtisserie et de pâtes alimentaires ;
14-Industrie de l'habillement ;
33-Réparation et installation de machines et d'équipements ;
15-Industrie du cuir et de la chaussure ;
104-Fabrication d'huiles et graisses végétales et animales ;
16-Travail du bois et fabrication d'articles en bois et en liège, à l'exception des meubles ; fabrication d'articles en vannerie et sparterie.

Pour la variable TI également, la région 97 (Outre-mer) est dans le même cas.

Pour les investissements intégrés relevant de la protection de l'environnement I2 :
15-Industrie du cuir et de la chaussure ;
109-Fabrication d'aliments pour animaux ;
13-Fabrication de textiles ;
05 à 09,19-Extraction. Cokéfaction et raffinage ;
106-Travail des grains ; fabrication de produits amylacés ;
31-Fabrication de meubles ;
102-Transformation et conservation de poisson, de crustacés et de mollusques ;
26-Fabrication de produits informatiques, électroniques et optiques.

Pour le total des dépenses de fonctionnement et d'entretien des équipements entièrement dédiés à l'environnement (TD) :
15-Industrie du cuir et de la chaussure