L'aire urbaine de Besançon est la deuxième de la région par le nombre d'habitants. C'est aussi la plus jeune. Sa population augmente grâce à un excédent naturel important. Son économie, la plus tertiarisée de la région, gagne des emplois, en particulier dans les fonctions métropolitaines. Besançon est très connectée aux autres aires urbaines franc-comtoises. Les navettes domicile-travail se font dans les deux sens avec Vesoul et Dole, majoritairement pour des emplois tertiaires, mais aussi avec Montbéliard et Pontarlier. L'aire de Besançon attire des étudiants franc-comtois qui s'y installent, surtout pour accéder à une formation supérieure de premier cycle. En revanche, des étudiants bisontins rejoignent Paris, Lyon, Strasbourg ou Dijon pour poursuivre souvent une formation au moins équivalente au deuxième cycle universitaire. De la même façon, de nombreux actifs bisontins déménagent aussi vers ces grandes villes ou dans les aires franc-comtoises alentour.