Près de 180 000 entreprises sont implantées en Aquitaine. La quasi-totalité d'entre elles sont régionales. Ces dernières emploient 58 % des effectifs salariés. Les microentreprises constituent l'essentiel des entreprises implantées en Aquitaine (94 %). Bien que deux sur trois n'emploient aucun salarié, elles sont, après les grandes entreprises, celles qui occupent le plus de salariés. Les M.TPE.PE implantées en Aquitaine représentent 98 % de l'ensemble des entreprises et 40 % des effectifs salariés. Dans leur ensemble, les entreprises non monorégionales sont moins d'un tiers à avoir leur centre de décision dans la région. Cette proportion est plus importante pour les M.TPE.PE. Plus de 90 % de leur effectif salarié est localisé dans des entreprises indépendantes contre seulement 8 % pour les ME.ETI.GE. Les M.TPE.PE concentrent les deux tiers des emplois de la construction et leur poids est également important dans la restauration et les services. À l'inverse, elles sont moins présentes dans l'industrie. Un grand nombre d'auto-entreprises ont été créées depuis 2009, notamment dans le secteur commerce-transports-hébergement-restauration. En 2011, les entreprises de la région ont bénéficié de 1,08 % du montant de crédit d'impôt recherche (CIR) distribué en France.