L'enquête est soumise notamment à la loi n° 78-17 du 6 janvier 1978 relative à l'informatique, aux fichiers et aux libertés ; à la loi nationale sur le secret statistique : loi n° 51-711 du 7 juin 1951 sur l'obligation, la coordination et le secret en matière de statistiques ; à la loi n° 2016-1321 du 7 octobre 2016 pour une République Numérique (cf. article 1) ; au règlement général sur la protection des données (RGPD) : Règlement (UE) 2016/679 du Parlement européen et du Conseil du 27 avril 2016 relatif à la protection des personnes physiques à l'égard du traitement des données à caractère personnel et à la libre circulation de ces données. L'OED est propriétaire des données collectées.

L'EFLM a fait l'objet d'une fiche de traitement de l'enquête (RGPD) répertoriée dans le logiciel de suivi des traitements RGPD du ministère des Armées. La diffusion des résultats issus de l'EFLM respecte les règles du secret statistique.

Le personnel signe un engagement de confidentialité.