Les différentes étapes de l'enquête garantissent que le processus répond aux exigences en matière de production statistique :
- tests réalisés en amont de la collecte, auprès de 11 entreprises
- tirage stratifié de l'échantillon
- relances et contrôles des données en cours de collecte
- apurement
- redressement de la non-réponse totale
- calage
- redressement de la non réponse partielle
- winsorisation

La variable sur la part de dépenses d'exploitation (LGPC) est diffusée avec beaucoup de précautions. Elle a un taux de non-réponse assez élevé (9%). De plus, l'équipe de collecte a fait remonter des difficultés pour les entreprises à répondre à cette question : cela ne correspond pas à des postes du plan comptable. Enfin, la formulation de la question suggère de mettre zéro aux entreprises n'ayant pas eu de coût pour les innovations en logistique en 2016. Parmi les entreprises innovantes en logistique 1/4 ont mis 0 et parmi les non-innovante en logistique 2/3 ont mis 0.
Par ailleurs, les variables de coopération ou de chiffres d'affaires issus d'innovations nouvelles pour le marché ou pour l'entreprise ont des coefficeint de variation supérieurs à 20% pour certains secteurs (industrie, sections B et C notamment).