Les différentes étapes de l'enquête garantissent que le processus répond aux exigences en matière de production statistique :           
- tirage stratifié de l'échantillon
- relances et contrôles des données en cours de collecte
- apurement
- redressement de la non-réponse totale
- calage
- redressement de la non réponse partielle
- winsorisation
Le questionnaire a été testé (au 4e trimestre 2012) dans le cadre du passage de l’enquête devant le comité du label début 2013.

L’enquête présente un taux de réponse en légère hausse : 86,3 % (85,4 % lors de l’édition précédente sur les divisions 05 à 35).

Avant toute exploitation, il est également utile d’apprécier la qualité des variables au travers de leur taux de non-réponse partielle et des intervalles de confiance fournis dans les indicateurs de qualité de l’enquête.

Ainsi, comme pour l’édition précédente, le taux de non-réponse partielle est particulièrement élevé pour la variable PART_ENVIR (part des investissements pour protéger l’environnement) et s’établit à 18,5 %.

Cette variable est donc à analyser avec précaution, une partie non négligeable des réponses ayant donc été imputée.

Les autres variables présentent toutes un taux de non-réponse partielle inférieur à 6 %.

En termes de précision, les principales variables numériques présentent les coefficients de variation suivants :
Montant total des études pour protéger l’environnement (TOT_ETUDE) : 3,2 %
Montant total des investissements spécifiques (TI) : 2,6 %
Montant des investissements intégrés relevant de la protection de l’environnement (I2) : 6,2 %

La précision se dégrade lorsqu’on s’attache à des domaines de diffusion plus fins. En particulier, les secteurs d’activité suivants présentent un coefficient de variation dépassant 20 % et sont à analyser avec précaution :

(pour TOT_ETUDE)
Extraction Cokéfaction et raffinage
Industrie du papier et du carton
Imprimerie et reproduction d'enregistrements
Fabrication de produits informatiques, électroniques et optiques
Fabrication d'équipements électriques
Industrie automobile

(pour TI)
Travail du bois et fabrication d'articles en bois et en liège, à l'exception des meubles ; fabric
Fabrication de produits informatiques, électroniques et optiques
Fabrication d'équipements électriques
Fabrication de meubles

(pour I2)
Extraction Cokéfaction et raffinage
Industrie chimique
Fabrication de produits informatiques, électroniques et optiques
Fabrication de machines et équipements n c a
Fabrication de meubles
Production et distribution d'électricité, de gaz, de vapeur et d'air conditionné

Pour la variable I2 également, la tranche d’effectifs 50 à 99 salariés est dans le même cas.